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H D O C K S e r v e r H D O C K S E R V E R P r o t e i n p r o t e i n a n d p r o t e i n D N A / R N A d o c k i n g b a s e d o n a h y b r i d a l g o r i t h m o f t e m p l a t e b a s e d m o d e l i n g a n d a b i n i t i o f r e e d o c k i n g . [ H u a n g L a b ]   [ H D O C K ]   [ H e l p ]   [ O u t p u t e x a m p l e ]   I n p u t R e c e p t o r M o l e c u l e u s i n g O N E o f t h e f o l l o w i n g f o u r o p t i o n s : [ h e l p ] U p l o a d y o u r p d b f i l e i n P D B f o r m a t : [ e x a m p l e ] O R p r o v i d e y o u r p d b f i l e i n P D B I D : C h a i n I D : ( E x a m p l e : 1 C G I : E ) O R c o p y a n d p a s t e y o u r s e q u e n c e b e l o w i n F A S T A f o r m a t ( S a m p l e i n p u t : 1 C G I : E , 1 H C J : A ) O R u p l o a d y o u r s e q u e n c e f i l e i n F A S T A f o r m a t : [ e x a m p l e ] I n p u t L i g a n d M o l e c u l e u s i n g O N E o f t h e f o l l o w i n g f o u r o p t i o n s : [ h e l p ] U p l o a d y o u r p d b f i l e i n P D B f o r m a t : [ e x a m p l e ] O R p r o v i d e y o u r p d b f i l e i n P D B I D : C h a i n I D : ( E x a m p l e : 1 C G I : I ) O R c o p y a n d p a s t e y o u r s e q u e n c e b e l o w i n F A S T A f o r m a t ( S a m p l e i n p u t : 1 C G I : I ) S e l e c t a t y p e P r o t e i n s s R N A d s D N A d s R N A s s D N A   [ h e l p ] O R u p l o a d y o u r s e q u e n c e f i l e i n F A S T A f o r m a t : [ e x a m p l e ] O p t i o n I : U s e a v a i l a b l e b i n d i n g s i t e i n f o r m a t i o n f r o m t h e P D B ? N o Y e s A d v a n c e d O p t i o n s ( O p t i o n a l ) : T e m p l a t e f r e e d o c k i n g o n l y             [ E x p l a n a t i o n ] S y m m e t r i c m u l t i m e r d o c k i n g :   ( e . g . , C 2 o r C 3 f o r C y c l i c ; D 2 o r D 3 f o r D i h e d r a l )         [ N o t e ] S A X S e x p e r i m e n t a l d a t a f i l e : [ h e l p ] [ e x a m p l e ] S p e c i f y t h e r e s i d u e s o f t h e b i n d i n g s i t e . R e c e p t o r b i n d i n g s i t e r e s i d u e ( s ) : E x p l a n a t i o n O R u p l o a d y o u r b i n d i n g s i t e f i l e : E x p l a n a t i o n L i g a n d b i n d i n g s i t e r e s i d u e ( s ) : E x p l a n a t i o n O R u p l o a d y o u r b i n d i n g s i t e f i l e : E x p l a n a t i o n R e s i d u e d i s t a n c e r e s t r a i n t s : E x p l a n a t i o n O R u p l o a d y o u r r e s t r a i n t f i l e : E x p l a n a t i o n O p t i o n a l : E n t e r y o u r e m a i l :           E n t e r y o u r j o b n a m e :   D o w n l o a d t h e H D O C K l i t e v 1 . 1 s t a n d a l o n e p a c k a g e n e w R e f e r e n c e s : Y a n Y , T a o H , H e J , H u a n g S Y . * T h e H D O C K s e r v e r f o r i n t e g r a t e d p r o t e i n p r o t e i n d o c k i n g . N a t u r e P r o t o c o l s , 2 0 2 0 ; d o i : h t t p s : / / d o i . o r g / 1 0 . 1 0 3 8 / s 4 1 5 9 6 0 2 0 0 3 1 2 x . Y a n Y , Z h a n g D , Z h o u P , L i B , H u a n g S Y . H D O C K : a w e b s e r v e r f o r p r o t e i n p r o t e i n a n d p r o t e i n D N A / R N A d o c k i n g b a s e d o n a h y b r i d s t r a t e g y . N u c l e i c A c i d s R e s . 2 0 1 7 ; 4 5 ( W 1 ) : W 3 6 5 W 3 7 3 . Y a n Y , W e n Z , W a n g X , H u a n g S Y . A d d r e s s i n g r e c e n t d o c k i n g c h a l l e n g e s : A h y b r i d s t r a t e g y t o i n t e g r a t e t e m p l a t e b a s e d a n d f r e e p r o t e i n p r o t e i n d o c k i n g . P r o t e i n s 2 0 1 7 ; 8 5 : 4 9 7 5 1 2 . H u a n g S Y , Z o u X . A k n o w l e d g e b a s e d s c o r i n g f u n c t i o n f o r p r o t e i n R N A i n t e r a c t i o n s d e r i v e d f r o m a s t a t i s t i c a l m e c h a n i c s b a s e d i t e r a t i v e m e t h o d . N u c l e i c A c i d s R e s . 2 0 1 4 ; 4 2 : e 5 5 . H u a n g S Y , Z o u X . A n i t e r a t i v e k n o w l e d g e b a s e d s c o r i n g f u n c t i o n f o r p r o t e i n p r o t e i n r e c o g n i t i o n . P r o t e i n s 2 0 0 8 ; 7 2 : 5 5 7 5 7 9 . I f y o u s u b m i t s e q u e n c e s , p l e a s e a l s o c i t e : R e m m e r t M , B i e g e r t A , H a u s e r A , S o i n g J . H H b l i t s : l i g h t n i n g f a s t i t e r a t i v e p r o t e i n s e q u e n c e s e a r c h i n g b y H M M H M M a l i g n m e n t . N a t M e t h o d s . 2 0 1 1 ; 9 : 1 7 3 1 7 5 . W . R . P e a r s o n a n d D . J . L i p m a n . I m p r o v e d t o o l s f o r b i o l o g i c a l s e q u e n c e c o m p a r i s o n . P r o c N a t l A c a d S c i U S A 1 9 8 8 ; 8 5 : 2 4 4 4 2 4 4 8 . S i e v e r s F , W i l m A , D i n e e n D , G i b s o n T J , K a r p l u s K , L i W , L o p e z R , M c W i l l i a m H , R e m m e r t M , S o d i n g J , T h o m p s o n J D , H i g g i n s D G . F a s t , s c a l a b l e g e n e r a t i o n o f h i g h q u a l i t y p r o t e i n m u l t i p l e s e q u e n c e a l i g n m e n t s u s i n g C l u s t a l O m e g a . M o l S y s t B i o l . 2 0 1 1 ; 7 : 5 3 9 . L a r k i n M A , B l a c k s h i e l d s G , B r o w n N P , C h e n n a R , M c G e t t i g a n P A , M c W i l l i a m H , V a l e n t i n F , W a l l a c e I M , W i l m A , L o p e z R , T h o m p s o n J D , G i b s o n T J , H i g g i n s D G . C l u s t a l W a n d C l u s t a l X v e r s i o n 2 . 0 . B i o i n f o r m a t i c s . 2 0 0 7 ; 2 3 : 2 9 4 7 8 . M a r t i R e n o m M A , S t u a r t A , F i s e r A , S a n c h e z R , M e l o F , S a l i A . C o m p a r a t i v e p r o t e i n s t r u c t u r e m o d e l i n g o f g e n e s a n d g e n o m e s . A n n u R e v B i o p h y s B i o m o l S t r u c t 2 0 0 0 ; 2 9 : 2 9 1 3 2 5 . B e r m a n H M , W e s t b r o o k J , F e n g Z , G i l l i l a n d G , B h a t T N , W e i s s i g H , S h i n d y a l o v I N , B o u r n e P E . T h e P r o t e i n D a t a B a n k . N u c l e i c A c i d s R e s 2 0 0 0 ; 2 8 : 2 3 5 2 4 2 . T h e P D B d a t a b a s e i s u p d a t e d m o n t h l y . C u r r e n t v e r s i o n : 2 0 2 3 0 9 0 9 © L a b o f B i o p h y s i c s a n d M o l e c u l a r M o d e l i n g , h u a n g l a b @ h u s t . e d u . c n